Farmaatsia instituut väärtustab koostööd nii ettevõtjate kui ka erialaseltside ja -liitudega.
Farmaatsia instituudi liikmete poolt 2006. a asutatud Eesti Akadeemiline Farmaatsia Selts (EAFS) teeb instituudiga aktiivselt koostööd farmaatsiahariduse, -teaduse ja -praktika edendamiseks konverentside, seminaride, koosolekute, täiendõppe ning muude teaduslike ning üldharivate ürituste korraldamise ja trükiste kirjutamise kaudu. EAFS haldab populariseerimise fondi proviisoriõppe ja -ameti tutvustamiseks ühiskonnas ning lisaks haldab mitmeid toetus- ja stipendiumifonde õppe, teaduse ja teiste akadeemiliste eesmärkide toetamiseks.
Teeme aktiivset koostööd Eesti Proviisorapteekide Liiduga (EPAL). Meie pikaajaline koostööprojekt on võimaldanud farmaatsiaõpet Tartu Ülikoolis järjepidevalt kaasajastada. Toetuse abil uuendasime õppe jaoks vajalikke vahendeid ja aparatuuri. Üliõpilaste praktiliste tööde läbiviimiseks on soetatud automaatpipette ja uuendatud tarkvaraprogramme ning arvuteid. Samuti toetab EPAL meid farmaatsiaalase õppe kvaliteedi ja rahvusvahelise konkurentsivõime tõstmisega. Eesti suurima apteegiorganisatsioonina aitab EPAL meil viia lõpetajate teadmised ja oskused paremini vastavusse tööjõuturu vajadustega. Saame õppetöös kaasata eksperte välismaalt ja praktikuid apteekidest, mis muudab hariduse laiapõhjalisemaks ja praktilisemaks.
Benu Apteegi frantsiisiketi abiga avas Tartu Ülikooli (TÜ) farmaatsia instituut 2023 aasta kevadel uue õppeklassi. See õppeklass võimaldab luua farmaatsiaõppele uusi võimalusi. Näiteks aitab õppeklass muuta õppe kaasavamaks ja praktilisemaks, et tõhustada tulevaste proviisorite ettevalmistamist. Ruumis paikneb tudengitele uue tööriistana apteegi simulatsioon, mis annab ülevaate apteekides saadavatest käsimüügiravimitest, toidulisanditest ja muudest apteegi toodetest. Valminud õppeklassis saavad üliõpilased hõlpsalt apteegikaupade väljapanekuid organiseerida, arvestades seejuures ravimite toimeainete ja nende mõjuga.
Tartu Raekoja apteek (koostöös Apotheka apteekidega) on Tartu Ülikooli farmaatsia instituudi ametlikuks apteegipraktika baasiks, kuid panustab ka praktilise sotsiaalfarmaatsia õppetöö läbiviimisse.
Aktiivselt tehakse koostööd ka teiste eriala seltside (TÜRS, EFS, EHAS, RHL, RTL), teadus- ja õppeasutuste (TTK) ning kliinikumidega (Tartu Ülikooli Kliinikum) nii õppe-, teaduse-, arendus-, kui ka populariseerimistegevuste kaudu.