Instituudi kõrgeim akadeemiline otsustuskogu on instituudi nõukogu, kes kehtestab instituudi tegevuskava, määrab arenguprioriteedid ning arutab ja otsustab instituudi õppe- ning teadus- ja arendustööd puudutavaid küsimusi.
Ain Raal, professor, instituudi juhataja, nõukogu esimees
Jyrki Heinämäki, professor, farmaatsia doktoriõppe programmijuht
Daisy Volmer, dotsent, proviisoriõppe programmijuht
Ott Laius, Ravimiamet
Marika Saar, SA TÜ Kliinikum, Eesti Haiglaapteekrite Selts
Ülle Rebane, Eesti Apteekrite Liit
Tanel Kuusmann, Tamro Eesti OÜ
Linda Maria Laane
Gerda Nelis
Kristiina Sumnikova
Saskia Täpsi
Karin Kogermann, kaasprofessor
Urve Paaver, kaasprofessor
Ivo Laidmäe, kaasprofessor
Andres Meos, kaasprofessor
Andres Lust, lektor, teadur
Kristiina Sepp, nooremlektor
Nõukogu sekretär: Merle Tiidemaa
Tutvu farmaatsia instituudi nõukogu kodukorraga kodukorraga.